Die Stiftung Zürcher Kinder- und Jugendheime, eine Stiftung gemäss Art. 80ff. ZGB, untersteht der BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Zürich.

Als Kontrollstelle überprüft die Revisionsgesellschaft KPMG seit Stiftungsgründung die Buchführung und die Jahresrechnung der Stiftung.

Die fachliche Aufsicht über die Institutionen und speziell über die Sonderschulen und die Berufsausbildungen liegt bei den Kantonen, welche die Betriebsbewilligungen erteilen. Daneben überprüft das Bundesamt für Justiz regelmässig, ob die Einrichtungen die Anerkennungsvoraussetzungen erfüllen.

Die Krippenaufsicht nehmen die Standortgemeinden Zürich und Küsnacht wahr.